Le Comité paralympique estonien (EPOK) a été créé en avril 1991 par des représentants d'associations sportives de personnes souffrant de handicaps visuels, auditifs, physiques et mentaux. La même année, il devient membre du Comité international paralympique (CIP). Le prédécesseur du Comité paralympique estonien était la Fédération estonienne des sports pour handicapés créée en 1986 au sein de l'association sportive "Kalev".

Le rôle principal du Comité paralympique estonien a été de promouvoir les sports de haut niveau pour les personnes ayant des besoins spéciaux et d'organiser l'envoi de délégations nationales aux compétitions pour le titre et aux Jeux paralympiques. Les organisations membres du Comité paralympique s'occupent des jeunes athlètes, des sports récréatifs et organisent des compétitions de titres locales.

À compter du 5 janvier 2017, à la demande de l'organisation faîtière internationale, le Comité paralympique estonien sera renommé Comité paralympique estonien et l'abréviation EPK.